Tahun 2977, umat manusia yang terusir dari Bumi berperang untuk kembali ke rumah mereka yang kini dikuasai oleh Koalisi Gaia yang korup. Kapten Harlock, bajak laut legendaris, dan kru Arcadia-nya adalah satu-satunya harapan untuk mengungkap kebenaran yang disembunyikan Koalisi. Saat Ezra, pemimpin Gaia, mengirim adiknya, Logan, untuk membunuh Harlock, Logan justru menemukan rahasia gelap yang mengubah segalanya. Dengan misi balas dendam dan tekad untuk membebaskan Bumi, Harlock melawan armada Gaia.
