Di tengah pedesaan Jepang abad ke-19, Sanjuro, seorang samurai pengembara, tiba di sebuah kota yang dikuasai oleh dua geng yang saling berseteru. Dengan kecerdikannya, ia memanipulasi kedua pihak agar saling menghancurkan. Namun, segalanya berubah ketika Unosuke, putra salah satu bos geng yang licik dan bersenjatakan revolver, muncul. Setelah menyelamatkan seorang wanita dan keluarganya, Sanjuro disiksa dan nyaris tewas dalam pembantaian yang dilakukan Unosuke. Melarikan diri dengan bantuan pemilik penginapan, ia pulih di sebuah kuil—hanya untuk mengetahui bahwa sang pemilik penginapan diculik. Kini, Sanjuro harus kembali dan menghadapi musuh paling berbahayanya. Siapakah yang akan bertahan?