Kapten Kirk dan kru USS Enterprise kembali ke Bumi hanya untuk menemukan ancaman mematikan dari dalam organisasi mereka sendiri. Sebuah ledakan mengguncang armada, memicu krisis yang mengancam perdamaian galaksi. Kirk memimpin misi berbahaya ke zona perang untuk menangkap seorang teroris yang merupakan senjata pemusnah massal. Di tengah pengkhianatan, persahabatan diuji, dan pengorbanan harus dibuat. Bisakah Kirk menyelamatkan keluarga terakhirnya—kru Enterprise—sebelum segalanya terlambat?